Onderzoekers van het Leuvens Centrum Menselijke Erfelijkheid (CME) hebben een nieuwe test ontwikkeld die zowel genetische als epigenetische afwijkingen in één enkele analyse opspoort. Dat heeft UZ Leuven, waartoe CME behoort, bekendgemaaktt. De nieuwe methode laat toe om zeldzame ziektes sneller te diagnosticeren.

Zowel genetische als epigenetische afwijkingen kunnen een belangrijke rol spelen in de ontwikkeling van ziektes. Waar er bij genetische afwijkingen foutjes kunnen optreden in de volgorden van de DNA-baseparen, gaat het bij epigenetische afwijkingen bijvoorbeeld over chemische aanpassingen van het DNA, zoals methylering, dat mee bepaalt welke genen 'aan' of 'uit' staan. 

"Epigenetische veranderingen, ook bekend als episignatures, zijn gelinkt aan zo'n tien procent van de ontwikkelingsstoornissen", verduidelijkt geneticus Joris Vermeesch. "Vaak gaat het om heel zeldzame ziekten, die klinisch moeilijk te onderscheiden zijn, waardoor patiënten een ware 'diagnostische odysee' moeten afleggen." 

Nanopore sequencing

De nieuwe testmethode maakt gebruik van zogenaamde nanopore sequencing, dat toelaat om alle DNA-baseparen van een heel genoom uit te lezen. Daarna zetten de onderzoekers een slim algoritme aan het werk om de miljoenen plaatsen in het DNA te doorzoeken op mogelijke epigenetische afwijkingen. 

"Dat vraagt een enorme rekenkracht, waarvoor we een beroep kunnen doen op de Vlaamse Supercomputer", vertelt geneticus Kris Van Den Bogaert. "Het is dankzij de ondersteuning van dat project dat we nu zo ver staan met deze technologie en dat epigenetische analyses heel wat efficiënter kunnen verlopen."

Een eerste klinische studie bij twintig patiënten, gepubliceerd in het wetenschappelijk tijdschrift Genome Medicine, bevestigde dat de nieuwe testmethode minstens even betrouwbaar en veel sneller is dan de traditionele technieken om episignatures op te sporen. 

"De analyse van epigenetische informatie samen met de genoomsequentie in één enkele test is ongezien en biedt een veel vollediger ziektebeeld", stelt Vermeesch. "Dit opent de deur naar snellere diagnoses en meer inzicht in de oorzaak van zeldzame aandoeningen."

Naar verwachting zal de nieuwe technologie binnenkort de standaard worden in België voor alle patiënten met onverklaarde ontwikkelingsstoornissen. Op termijn zouden zo enkele honderden patiënten per maand geholpen kunnen worden. De kosten zijn vergelijkbaar met oudere methoden.